Sebelum tahun 1965 Long Rungan merupakan komunitas dayak yang bermukim di rumah-rumah panjang. Masyarakat sudah mulai bersawah sejak zaman nenek moyang yang memanfaatkan tanah landai yang ada. Pada era konfrontasi masyarakat Long Rungan turut membantu menjadi relawan tentara mengangkut amunisi dan perbekalan TNI. Pada tahun 1973 dibawah arahan camat Philipus Gaying masyarakat Long Rungan berkumpul dengan Long Kelupan dan Tang Paye menjadi satu kawasan pemukiman untuk mempermudah akses kepada layanan pemerintah. 

Berikut merupakan susunan kepemimpinan desa dari tahun ke tahun :

1. Paren Rikan: 1965-1969

2. Baru Balang: 1969-1979

3. Yusup Tebari: 1979-1987

4. Sakai Leban: 1987-1995

5. Nelson Bidai: 1995-2014

6. (PJ) Nelson Yusup: 2014-2015

7. Misran: 2015-2021

8. (PJ Nelson Yusup: 2021-2022

9. Juwantho: 2022-Sekarang